Šifrování - veškerá komunikace mezi aplikací, webovým portálem a servery Ministerstva financí je šifrována, což odpovídá úrovni zabezpečení internetbankingu.
Zabezpečení zařízení - aplikaci Vodafone ePokladna doporučujeme chránit na stejné úrovni jako celý tablet či telefon, tedy nastavit si na zařízení odemykací kód (PIN). To se provede v menu Nastavení, většinou v podsložce Zabezpečení. Je dobré nastavit trochu složitější PIN než 1111 nebo 1234.
Podezření na zcizení přístupových údajů - nejrychlejší cesta zablokování licence je zavolání na Linku péče o zákazníky na čísle *77, kde licenci deaktivujeme. Pro další používání Vodafone ePokladny je nutné si zároveň aktivovat jinou - novou licenci .
Podezření na zneužití přístupových údajů - při podezření na zneužití přístupových údajů do webového portálu epokladna (epokladna.vodafone.cz) doporučujeme na portálu změnit heslo v sekci Můj profil/Změna hesla. V tomto portále lze zároveň vytvářet i více přístupů, např. pro zaměstnance, účetní atp.
Ochrana zařízení používajícího Vodafone ePokladnu - v případě potřeby chránit zařízení, na kterém běží Vodafone ePokladna, doporučujeme pořídit některý z tzv. MDM systémů - Vodafone nabízí službu Mobilní zabezpečení komplet, která umí například omezit používání jiných aplikací než Vodafone ePokladny, nastavit zabezpečený přístup na e-mail v zařízení nebo právě vynutit chránění zařízení heslem.